复员后的复旦大学，名师云集，声誉日隆，成为南方学术重镇。1946至1948年，来校任教的知名学者有李振麟、萧乾、文洁若、许国璋、孙大雨、周予同、吕思勉、胡厚宣、章巽、陈守实、熊十力、胡曲园、胡寄南、周慕溪、叶蕴理、赵汉威等。报考学生人数居全国高校前列。

　　系科增设与招收研究生

　　根据复员前拟定计划，学校力谋充实系科。1946年秋，商学院设立合作学系，培养合作经济研究与务实人才，分供合、农合、工合三组。这是全国高校唯一的合作学系。陈仲明、罗虔英、唐巽泽、罗俊先后任系主任。同年秋，生物系设立海洋生物组，是国内高校第一个海洋学专业。

　　1947年，

　　抗战以来，生物系与中央研究院动植物研究所、中国科学社生物研究所密切合作；教授阵容居全国之首，除中央研究院院士、中国动物植物学界泰斗秉志和钱崇澍外，还有卢于道、薛芬、张孟闻、曲仲湘等著名科学家。生物系图书资料与仪器设备均较为完善，收藏有中国科学社动植物标本6000张，珍贵杂志1000余册。1948年，复旦向教育部申请设立生物研究所，从事医药、农业、渔业等问题的科学研究，获准从1949年开始招生。

　　1948年7月，复旦向教育部提出申请，成立相关工科专业和若干研究所。除生物研究所、农业化学系、商业管理系获准成立外，历史研究所、农业工程系未获批准。拟设工学院计划，限于条件，基本未能实现。后经邵力子向教育部斡旋，将农业工程系改成水利工程系，获部批准。以上新设系科均自1949年起招生。于是，复员前拟定的院系扩充计划，部分得以实施。

　　此外，复旦又按需设立若干培训班。1947年2月，复旦与农林部等机构签定合约，为联合国善后救济总署办理高级渔业技术人员训练班，首期招生48人。1948年6月，教育部指定复旦设立法院监狱官专修科，秋季开始招生。

　　1947年5月，登辉堂(今相辉堂)落成。11月19日，老校长李登辉逝世。

　　迎接解放

　　以1946年底抗议美军暴行为起点，复旦学生运动蓬勃开展，汇入国统区第二条战线的洪流中。

　　1947年元旦，复旦学生800余人，与全市二十多所学校学生万余人，沿南京路示威游行，沿途高喊“反对美军暴行”等口号。1月4日，方令孺等37名教授在《文汇报》上发表声明，支持学生正义行动。3月，张志让等39名教授在《保障人权宣言》上签名，抗议国民政府在北平逮捕进步师生和群众。

　　由于物价飞涨，师生生活难以为继。公费生每日伙食费只够买两根半油条。 5月17日起，复旦千余名公费生效法中央大学，开展“吃光运动”。学生召开大会，决定向政府提出：全体学生享受公费[1]，副食费按生活指数调整，教育经费至少应占国家预算的15%。校方对学生增加教育经费、改善师生待遇的主张，原则上表示同情。18日，系科代表大会决定将“吃光运动”改为“抢救教育危机运动”，并派汪汉民等5人代表复旦，参加沪杭国立大专院校“联合晋京请愿代表团”赴京请愿。5月20日，请愿学生在南京举行联合示威大游行，遭镇压，酿成“五·二○”惨案。

　　在此前后，复旦校内接连发生多起冲突事件。5月27日，“国权路血案”爆发，学生多人受伤。章益校长引咎辞职。孙绳曾等131名教授联名致电教育部，请予挽留。5月30日，

　　1948年秋，国民党军事上败局已定。1949年1月，学校成立各种应变团体。2月，复旦教授会、讲师助教会等各团体联合组成“师生员工应变委员会”，章益为主席。同月，学校向教育部争取到一笔应变费，用于购买储备物资。同时，教育部数次密令章益，将复旦迁离上海，到教育部任职再转赴台湾，均被章益拒绝。复旦得以完整地保留在大陆。

　　4月27日，上海警备司令部限令复旦迁入市区，国民党军队随即进入学校。5月27日，上海大部分解放。6月20日，复旦由中国人民解放军上海军事管制委员会接管。复旦历史掀开新的一页。

　　[1]1947年春，复旦学生共3175人，其中各种公费生2098人，约占三分之二，自费生1077人，约占三分之一。(校史研究室：钱益民)