1939年兴建的登辉堂，今基本完好。80年代被重庆市定为文物保护单位

　　太湖校址拓展计划

　　李登辉被迫辞职后，于1936年10月赴四川游历，受到当地校友及重庆复旦中学师生的热烈欢迎和隆重接待。这给已经去职的老校长以莫大的安慰，同时也为一年后复旦迁川创造了条件。

　　吴南轩主持校务后，复旦办学出现新的变化。1937年1月8日，第9次校董会决定“在太湖区域另觅佳地，为大规模之扩充。”推叶楚伧等7人为扩充校基筹备委员。随后，江苏教育款产管理处吴稚晖、钮永建，拨赠无锡太湖畔大雷嘴的土地1014亩给复旦作建校之用。勘察后，拟10年建成太湖新校址。1937年2月，国民政府决定，每月补助复旦2万元。这些都因抗战爆发未能实现。

　　1937年1月，孙寒冰教授等创办《文摘》月刊。不久即风行全国，不到半年，销量即达16000余份。《文摘》从第2卷第2期(同年8月1日出版)开始刊登斯诺的《毛泽东自传》。

　　西迁庐山再迁北碚

　　1937年8月，淞沪战争爆发，正在复旦附中上课的暑期学校被迫停办。9月初，复旦改在徐家汇附中开学。但战火纷飞，学生到校极少。不久，教育部指示复旦、大同、大夏、光华四所大学，效法平、津，组织临时联合大学内迁。大同、光华因故退出。复旦、大夏组成联大，并遵部令分为二部，第一部迁往江西，第二部迁往贵州。联大第一部以复旦为主体，由复旦副校长吴南轩负责，大夏吴泽霖任教务长，迁往江西庐山，租普仁

　　12月，南京陷落，危及九江。联大第一部决定内迁贵阳，与第二部合并。12月1日，联大师生500余人乘招商局快利轮内迁，月底到达重庆，受到四川省政府和各界人士及校友的热烈欢迎，诚邀复旦留在四川，省政府一次性补助10万银元。时值重庆复旦中学放假，联大第一部遂借该校菜园坝校址上课，1938年2月中旬结束。抗战八年中，复旦是唯一获四川省政府资助的外省迁入高校。

　　1938年2月，复旦确定以重庆北碚对岸的夏坝(原名下坝，陈望道建议改今名)为新校址，就近借黄桷镇寺庙为教室、煤栈余屋为学生宿舍。

　　2月25日，联大第三次行政会议决定：自1938年3月开始，取消复旦大夏联大，两校各自在重庆、贵阳建校，并报经教育部批准。

　　恢复教学秩序

　　复旦在黄桷镇复校，经费十分困难。吴南轩忙于筹措经费。金通尹代理教务长职务，在极端困难的情况下，安排好四院十五个系的教学工作，建立起正常的教学秩序。

　　为便于聘请教师和安排教学实习，复旦将商学院各系及新闻系、经济系迁往菜园坝。1939年5月，日机轰炸重庆，商学院及新闻、经济两系又迁回北碚黄桷镇。

　　1940年2月，夏坝四幢男生宿舍(以博学、笃志、切问、近思分别命名)建成。相伯

　　农学院的成立

　　1938年，复旦恢复史地学系，并在我国高校中首创统计学系。1939年1月，奉教育部令，设立统计专修科。

　　为解决四川省粮食和农副产品供应的困难，配合长期抗战，1938年10月，复旦设立垦殖专修科，培养直接从事农业生产的人才，学制2年，主任李亮恭。该科实行特殊教学，上午上课，下午在农场实习；学生享受公费待遇。11月，复旦与夏坝地方士绅达成协议，分段收购夏坝土地，建设农场，供垦殖专修科同学实习。年底，农场扩展至200余亩，除生产蔬菜瓜果外，尤以“复旦白酱油”著称。1939年3月，复旦与重庆回教协会联合招收垦殖专修科第二班——边疆班(回民班)，为西北回民聚居区培养垦殖人才。9月，增设园艺学系，主任陈国荣。为“改进国茶产制技术及扩展其国内外贸易”，1940年9月，中国茶叶公司出资9万元，委托复旦设立茶叶系和茶叶专修科(为全国高校中唯一的茶叶系科)，主任吴觉农。11月，设立茶叶研究室。同年秋，在以上学科基础上成立农学院，首任院长唐启宇。至此，复旦由原来的四院发展为文、理、法、商、农五院，学科更趋完备。

　　改为国立大学

　　1940年5月，校董会同意钱新之辞职，任命副校长吴南轩为代理校长。1941年1月，任命江一平为副校长。

　　因经济困难，复旦于1939年、1940年先后两次谋求改为国立，由于李登辉和其他在沪校董的反对未果。1941年11月，国民政府行政院第541次会议决议决定：同意复旦改为国立。从此，复旦由私立大学升格为国立大学。