1942年元旦，国立复旦大学诞生。原有董事会取消，由教务、训导、总务三长协助校长开展校务。2月5日，吴南轩宣誓就任校长。次年2月23日，吴南轩离任，章益担任校长。两位校长在任内致力于推进教学、扩充设备。复旦规模继续扩大、学术水准较前大为提高。

　　办学条件之改善

　　私立时期，复旦70%—80%的开支取自学费。抗战爆发，战区学生经济来源断绝，学费收入告罄，学校经费来源改为政府补助。升格国立后，教育部每年拨给复旦行政经费120万元，并增拨一次性临时费17万元，还免去过去所欠债务113万元。学校经济状况较前大为好转，办学条件也得到较大改善。这表现在以下几个方面。

　　一、专任教员比例提高。1943年春，专任教员已达178人，占教员总数的79%；全校共开设课程423门，学分数1116点。“在江湾时代梦寐以求的专任教师百分比的提高”，成为事实。他们大多为各学科知名学者，如杨树达、蒋天枢、梁宗岱、杨宪益、顾颉刚、谭其骧、戴修瓒、卢于道、王应悟、邓静华、陈传璋等。

　　二、学生经济负担减轻。以1943年秋为例，复旦注册学生共1892人，学校设置各种奖学金多达38种。学生中享受甲种、乙种公费者473人；享受甲种、乙种战区学生膳食贷金者865人；享受战区学生甲、乙、丙特种贷金者171人，其他学生则享受自费补助贷金。学生负担减轻，“教育商业化的意味，随之而逐渐减轻”。

　　三、校舍、设备初具规模。1938年，吴南轩即制定建筑计划，以办公楼“登辉堂”为开端，分三期建筑校舍。1943年元旦，登辉堂落成。5月15日，复旦订立第一批新建工程合同，开始大规模兴建校舍。招工兴建者计有教授住宅五幢，男、女生宿舍五幢，女生饭厅、厨房、浴室、厕所、储藏室、校长住宅、双间教授住宅、教职员公共食堂、科学馆、各学系主任办公室、中国心理研究实验室、复旦小学各一幢，教授单人宿舍二幢，以及复旦新村等，在一年内陆续完成。还修建从(嘉陵)江边到学校的百余级石阶，改装趸船二艘，便利师生渡江去北碚。1944年2月，创办复旦小学。1945年4月，新闻馆落成。又向海外购置一批图书和仪器。校舍、设备基本具备。

　　短期培训班之举办

　　结合战时形势和当地环境，复旦在办好原有系科基础上，各学院举办多个短期培训班，为大后方培养急需的应用性人才。

　　农学院：1941年8月，垦殖专修科停办，成立四年制农垦组。1943年，农垦、茶叶两组联合组成农艺系。次年，农艺系转向以研究作物为主，培养改良与推广新作物的高等技术人员，农垦、茶叶两组停止招生。

　　法学院：1943年1月，中美、中英新约签署，领事裁判权废除，法官人才紧缺。是年春，复旦创办司法组，培养法律人才。经费由国库拨给。

　　商学院：1942年9月，复旦与交通银行签约，合办二年制银行专修科，培植银行技术人才及业务人员。交通银行提供经费，复旦负担教育责任。学生免收学宿杂费，毕业后在交通银行供职。

　　文学院、理学院：1942年8月，教育部指令复旦设立侨生先修班。1943年2月，复旦筹建藏文专修科。7月，教育系改为职业教育系，培养职业教育师资和行政人员。1944年2月，设立北碚译训班。3月，办理英语专修班，训练通译人员。为加强理科基础，1943年7月，数学系、物理系由辅系扩建为数理系，主任李仲珩。

　　教学科研之开展

　　北碚是战时大后方文化重镇，高等学校和科研机构林立，给延聘名师、教学观摩带来便利，推动了复旦教学、科研水准的提高。复旦立校夏坝，也为北碚地区的文化繁荣作出了贡献。如1942年，理学院举办“纪念牛顿诞辰300周年”系列学术报告会和讲座，吸引北碚区的各中央研究机构及各大、中学人员参加。

　　1943年，薛芬出任生物系主任，聘请秉志、钱崇澍、张孟闻、曲仲湘、裴鉴、伍献文等前来任教。同年4月，英国皇家科学会会员、剑桥大学生物化学系教授李约瑟访问复旦，高度赞扬复旦生物系，并在Science上撰文，介绍复旦生物系与薛芬的研究成果。次年2月，复旦与中国心理、生理研究所进行合作研究，由郭任远主持。1944年，复旦经济研究所成立。

　　战时物质维艰，但校内学术空气浓厚。在第三届全国专科以上学校学生学业竞试中，生物系王述纲为乙类竞试生物学两名决选生之一，统计学系仝允枋为乙类竞试统计学唯一决选生。1943年7月，《复旦学报》第一期(文史哲号)、第二期(科学号)出版。

　　复旦师生还通过开展献机运动、参加远征军等各种形式支援抗战。1945年8月，抗战胜利。八年间，学生中参加各种军事工作者达720人。

　　学校声誉日隆，学生人数直线上升。1945年秋季，注册人数2039人，达历史最高水平。抗战八年，共计毕业3029人(包括沪校)，其中1937-1941年间1259人，1942-1945年间毕业1770人。(校史研究室 钱益民）