1905年，因外籍传教士篡夺校政，震旦学院发生学潮，130名学生愤然离校，拥戴马相伯另立新校。此举开创了尔后外国人攫夺我教育主权、实行奴化教育时，我国师生实行抵制或反抗的先河。退学学生公推于右任、叶仲裕等7人为干事，商议复学办法。马相伯、叶仲裕等邀请热心教育事业的严复、张謇、熊希龄等28人为校董，筹集建校资金。两江总督周馥拨银1万两，并借吴淞提督衙门为临时校舍。是年中秋节，复旦公学正式开学。

　　下面摘录复旦公学的两份文献：1905年制订的《复旦公学章程》及1907年两江总督端方上奏光绪帝的《筹拨复旦公学经费摺》部分内容，藉以勾勒复旦公学吴淞时期(1905-1911)教学的大致轮廓，包括办学宗旨、课程设置和教学效果等。

　　《复旦公学章程》(光绪三十一年)

　　第一章 纲领及宗旨

　　(一)本公学由各省官绅倡捐，并牒准大府檄拨吴淞官地择宜建校，兼借提镇行辕先行开校。

　　(二)本公学之设，不别官私，不分省界，要旨乃在于南北适中之地，设一完全学校，俾吾国有志之士，得以研究泰西高尚学术，由浅入深，行远自迩，内之以修国民之资格，外之以裁成有用之人才。

　　(三)除备斋本国历史、舆地、数学诸科，须用汉文外，余皆用西文教授，以为正法。

　　(四)本公学英文班生，于入正斋后，任择法、德文一种兼习。已习法文者，另班教授，亦任择英、德文一种兼习，期于文字应用，得以肄应。

　　(五)本公学于考取学生时，皆取文笔业已通达者。既入校后，以时日之有限，学业之多门，于讲授国文时间不能过多。于校中多庋中籍，每月杪考试国文一二篇，榜列甲乙，其每学年浏览何书、讨论何学，即由正教指示用功途径，庶业以专攻而精，心以致一而逸，不致博而寡要，劳而少功。

　　(六)本公学徽章，拟用金制黄玫瑰，以明黄人爱国之义。

　　第二章 分斋及学级

　　本公学遵高等学堂定制，正斋三年毕业，学科分二类：一、政法科、文科、商科大学之预备。二、理科、工科、农科大学之预备。惟我国兴学未遍，程度不齐，故于正斋前另立备斋二年。正斋卒业，欲入中外各大学者听。若仍留校肄业，则入专斋。专斋大别为二：一、政法；二、实业。课程年限，另行规定。

　　第三章 学科程度

　　(一)本公学正斋学科程度及授业时间，系遵奏定高等学堂章程，并略参东西名校通行章程规定。

　　(二)正斋第一部学科程度如下：伦理学、国文、英文、法文、德文、数学、论理、心理、理财、法学、簿记学、体操、音乐、拉丁文。

　　(三)正斋第二部学科程度如下：伦理学、国文、英文、法文、德文、数学、化学、地质、矿物、动物、测量、图画、体操、音乐、拉丁文。

　　《筹拨复旦公学经费摺》(光绪三十三年四月)

　　奏为筹拨复旦公学常年经费，谨将办理情形恭摺具陈，仰祈圣鉴事。(中略)查上海复旦公学，自光绪三十一年八月开校，系考取中学较深之学生，以英文教授高等普通科学，使能直入欧洲专门大学为宗旨。经前署督臣周馥拨银壹万两以为开办经费。臣派江苏候补道夏敬观，会同宁学司所派课员桂植，前往该校逐件详查。兹据覆称：连日在该公学参观教授，考验所用课本，皆系英文，取径直捷，成就高尚，实为现在言高等教育者惟一之办法。学生共一百七十五人，分为甲乙丙丁戊五班，戊班又分甲乙级。所授科学，有已过高等普通程度者。伏查往岁各省派遣学生游学欧美，大半先在校外预备英文，耗费财力，殊属可惜。若使英文全通，高等普通毕业，再行送往欧美，直入专门大学，可收事半功倍之效。该公学开校两年，办理尚为合法。据呈各班教科所用书目，皆系英文课本，若再改良进步，成绩必有可观。查有候选道严复，淹贯中西，学识闳达，已派充该公学监督，管理教授，一切由其主持。 已饬财政局每月筹拨银壹仟肆佰两，作正开销。

　　1905年至1911年，马相伯、严复、夏敬观、高凤谦、马相伯先后任公学校长。李登辉、袁观澜、周贻春等先后主持教务工作。1908年，杨鋆等8名首届高等正科生毕业。至1911年，共毕业高等正科生四届，计57人。另有部分学生不待毕业便出洋